МОЛЕКУЛЯРНОЕ ТИПИРОВАНИЕ STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE МЕТОДОМ МУЛЬТИПЛЕКСНОЙ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ С УЧЕТОМ РАСПРОСТРАНЕННОСТИ СЕРОТИПОВ В РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Цель исследования: сравнить классический серологический метод и метод молекулярного типирования S. pneumoniae с помощью мультиплексной полимеразной цепной реакции (М-ПЦР), модифицированной в соответствии с данными о циркулирующих в Российской Федерации серотипах. Материалы и методы: всего протестировано 420 изолятов пневмококка, преимущественно из нестерильных локусов. После микробиологической идентификации пневмококки серотипировали с помощью специфических антисывороток производства Statens Serum Institut (Дания) в реакциях латекс-агглютинации и/или набухания капсулы. Параллельно проводили серию М-ПЦР, максимально состоявшую из 7 последовательных реакций. Результаты: серологическим методом серотип определили у всех 420 штаммов S. pneumoniae; всего было идентифицировано 34 различных серотипа. При помощи М-ПЦР удалось типировать 95% (399/420) исследованных штаммов, причем 90% было типировано в первых трех М-ПЦР. Все ПЦР-нетипируемые изоляты (n = 21) обладали серотипами, которые не входили в состав М-ПЦР. Результаты серологического и молекулярного типирования совпали у 99,2% (396/399) изолятов; 3 штамма показали противоречивые результаты: серологическим методом у них определили серотип 19А, а методом ПЦР — 19F. Выводы: предложенная модификация М-ПЦР позволяет правильно определить серотип более чем у 90% циркулирующих в Российской Федерации штаммов пневмококка, включая все серотипы, входящие в состав полисахаридных конъюгированных пневмококковых вакцин.

1. Reinert R. R., Paradiso P., Fritzel B. Advances in pneumococcal vaccines: the 13-valent pneumococcal conjugate vaccine received market authorization in Europe. Exp. Rev. Vac. 2010; 9: 229–236.

2. Katosova L. K., Spichak T. V., Kim S. S., Yatsyshina S. B., Zubkova I. V., Praded M. N. Voprosy diagnostiki v pediatrii [Pediatric Diagnostics]. 2009; 2: 27–31.

3. Sidorenko S. V., Lobzin Yu. V., Kharit S. M., Korolyova I. S., Tatochenko V. K. Pnevmokokkovaya infektsiya i sovremennye vozmozhnosti eye profilaktiki — epidemiologicheskiy obzor situatsii v mire i v Rossii [Pneumococcal infection and advanced features for its prevention: An epidemiological overview of the situation in the world and in Russia]. Voprosy sovremennoy pediatrii — Current Pediatrics. 2010; 9 (1): 62–69.

4. McIntosh E. D., Reinert R. R. Global prevailing and emerging pediatric pneumococcal serotypes. Exp. Rev Vac. 2011; 10 (1): 109–129. doi: 10.1586/erv.10.145.

5. Reinert R. R., Taishi B. Novye dannye po effektivnosti 13-valentnoy pnevmokokkovoy konyugirovannoy vaktsiny v otnoshenii invazivnykh pnevmokokkovykh infektsiy, pnevmoniy, ostrogo srednego otita i nazofaringealnogo nositelstva [New data on the effectiveness of 13-valent pneumococcal conjugate vaccine against invasive pneumococcal disease, pneumonia, acute otitis media and nasopharyngeal carriage]. Pediatricheskaya Farmakologiya — Pediatric Pharmacology. 2012; 3: 12–18.

6. Rodgers G. L., Arguedas A., Cohen R., Dagan R. Global serotype distribution among S. pneumoniae isolates causing otitis media in children: potential implications for pneumococcal conjugate vaccines. Vaccine. 2009; 27: 3802–3810.

7. Rodgers G. L., Arguedas A., Cohen R., Dagan R. Global serotype distribution among S. pneumoniae isolates causing otitis media in children: potential implications for pneumococcal conjugate vaccines. Vaccine. 2009; 27: 3802–3810.

8. Mayanskiy А. N. Streptokokki: mikrobiologiya i patologiya [Streptococci: Microbiology and pathology]. Voprosy diagnostiki v pediatrii — Pediatric Diagnostics. 2010; 1: 9–19.

9. Katosova L. K., Tatochenko V. K., Arova A. A., Keshikbaeva A. A., Baturo A. P., Kuznetsova T. A., Levin A. B. Serotipy Streptococcus pneumoniae u detey, bolnykh ostroy pnevmoniyey i plevritom [Serotypes of Streptococcus pneumoniae in children with acute pneumonia and pleuritis]. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii — Journal of Epidemiology, Microbiology and Immunobiology. 1990; 5: 23–28.

10. Mayanskiy А. N., Alyabyeva N. M., Katosova L. K., Grechukha T. A., Pinelis V. G., Namazova-Baranova L. S. Opredeleniye kapsulnykh serotipov pnevmokokka metodom multipleksnoy PTsR [Determination of capsular pneumococcal serotypes using the method of multiplex PCR]. Voprosy diagnostiki v pediatrii — Pediatric Diagnostics. 2010; 2 (6): 6–10.

11. Techasaensiri C., Messina A. F., Katz K., Ahmad N., Huang R., McCracken G. H., Jr. Epidemiology and evolution of invasive pneumococcal disease caused by multidrug resistant serotypes of 19A in the 8 years after implementation of pneumococcal conjugate vaccine immu nization in Dallas, Texas. Pediatr. Infect. Dis. J. 2010; 29 (4): 294–300.

12. Miller E., Andrews N. J., Waight P. A., Slack M. P., George R. C. Herd immunity and serotype replacement 4 years after sevenvalent pneumococcal conjugate vaccination in England and Wales: an observational cohort study. Lancet Infect. Dis. 2011; 11 (10): 760–768.

13. Konradsen H. B. Validation of serotyping of Streptococcus pneumoniae in Europe. Vaccine. 2005; 23: 1368–1373.

14. Pai R., Gertz R. E., Beall B. Sequential multiplex PCR approach for determining capsular serotypes of Streptococcus pneumoniae isolates. J. Clin. Microbiol. 2006; 44: 124–131.

15. Kozlov R. S., Chagaryan A. N., Kozlova L. V., Muravyov A. A. Serologicheskaya kharakteristika i chuvstvitelnost k antibiotikam pnevmokokkov, vydelennykh u detey v vozraste do 5 let v otdelnykh regionakh Rossyskoy Federatsii [Serological characterization and antibiotic sensitivity of pneumococci selected from children under 5 in certain regions of the Russian Federation]. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya terapiya — Clinical Microbiology and Antimicrobial Therapy. 2011; 13 (2): 177–187.

16. Mayanskiy А. N., Alyabyeva N. M., Ivanenko A. M., Ponoma renko O. A., Katosova L. K., Lazareva A. V., Kulichenko T. V., NamazovaBaranova L. S. Bakterialnaya etiologiya ostrogo srednego otita u detey do 5 let: rol Streptococcus pneumoniae [Bacterial etiology of acute otitis media in children under 5: The role of Streptococcus pneumoniae]. Voprosy diagnostiki v pediatrii — Pediatric Diagnostics. 2013; 5 (1): 5–13.

17. Boronina L. G., Samatova E. V. Epidemicheskie osobennosti Streptococcus pneumoniae, vydelennogo u detey, pri neinvazivnykh pnevmokokkovykh infektsiyakh i nosoglotochnom bakteroinositelstve [Epidemic features of Streptococcus pneumoniae, selected from children with non-invasive pneumococcal infections and nasopharyngeal bacteria carriage]. Voprosy diagnostiki v pediatrii — Pediatric Diagnostics. 2013; 5 (1): 22–26.

18. Miernyk K., Debyle C., Harker-Jones M., Hummel K. B., Hennessy T. et al. Serotyping of Streptococcus pneumoniae isolates from nasopharyngeal samples: use of an algorithm combining microbiologic, serologic, and sequential multiplex PCR techniques. J. Clin. Microbiol. 2011; 49: 3209–3214. doi: 10.1128/ JCM.00610-11.

19. Croucher N. J., Harris S. R., Fraser C., Quail M. A., Burton J., van der Linden M., McGee L., von Gottberg A., Song J. H., Ko K. S. et al. Rapid pneumococcal evolution in response to clinical interventions. Science. 2011; 331 (6016): 331–434. doi: 10.1126/science.1198545.

20. Moore M. R., Gertz R. E., Jr, Woodbury R. L., BarkocyGallagher G. A., Schaffner W., Lexau C. et al. Population snapshot of emergent Streptococcus pneumoniae serotype 19A in the United States, 2005. J. Infect. Dis. 2008; 197: 1016–1027. doi: 10.1086/528996.

21. Wyres K. L., Lambertsen L. M., Croucher N. J., McGee L., von Gottberg A., Linares J., Jacobs M. R., Kristinsson K. G., Beall B. W., Klugman K. P., Parkhill J., Hakenbeck R., Bentley S. D., Brueggemann A. B. Pneumococcal capsular switching: a historical perspective. J. Infect. Dis. 2013; 207 (3): 439–449.

22. Миронов К. О., Платонов А. Е., Козлов Р. С. Идентификация и серотипирование российских штаммов Streptococcus pneumoniae с применением методик, основанных на ПЦР. Клин. микробиол. и антимикробн. тер. 2011; 13 (4): 304–313.

23. Pai R., Limor J., Beall B. Use of pyrosequencing to differentiate Streptococcus pneumoniae serotypes 6A and 6B. J. Clin. Microbiol. 2005; 43 (9): 4820–4822.