Состав кишечной микробиоты у детей в возрасте до двух лет с пищевой аллергией: одномоментное исследование

Обоснование. Исследование кишечной микробиоты у детей с аллергическими заболеваниями в первые 1000 сут жизни необходимо для обоснования патогенетической коррекции кишечного дисбиоза в периоде «окна возможностей». В России проведено несколько исследований кишечной микробиоты у детей первых 1000 сут жизни, но не у детей с аллергией.

Цель исследования — изучить состав кишечной микробиоты у детей в возрасте до двух лет с пищевой аллергией. Методы. В исследование включали доношенных детей в возрасте 6–24 мес с пищевой аллергией, находившихся под наблюдением в амбулаторных условиях. Таксономический состав кишечной микробиоты анализировали методом секвенирования 16S рРНК. Сбор биоматериала выполнен в домашних условиях. Таксономический профиль кишечной микробиоты представлен в виде относительной численности таксонов (relative abundance), рассчитанной как доля (в %) прочтений (reads), отнесенных к каждому таксону, от общего числа прочтений.

Результаты. Таксономический состав кишечной микробиоты изучен у 60 детей, из них 37 первого (6–12 мес) и 23 — второго года жизни (13–24 мес). У детей обеих возрастных групп выделены типы Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteriа и Actinobacteria, у детей в возрасте 13–24 мес — еще и тип Verrucomicrobia. У   детей в возрасте 13–24 мес чаще обнаруживали микроорганизмы семейства Ruminococcaceae (р = 0,006), неидентифицируемого рода семейства Lachnospiraceae (p < 0,001) и рода Gemmiger (p = 0,007), реже — рода Veillonella (р = 0,007). У детей в возрасте 6–12 мес обнаружены условно-патогенные микроорганизмы видов Veillonella parvula (р = 0,017), Erysipelatoclostridium ramosum и Intestinibacter bartlettii, у детей второго года жизни выше доля Faecalibacterium prausnitzii (р = 0,049). На этом фоне у детей второго года жизни ниже выраженность сенсибилизации к белкам коровьего молока при сохранении ее уровня к белкам куриного яйца.

Заключение. У детей второго года жизни с пищевой аллергией отмечено более высокое содержание микробов-симбионтов при отсутствии микробов-патобионтов. Этот результат позволяет предполагать компенсаторное формирование толерантности у детей с пищевой аллергией уже в раннем возрасте.

1. Sarkar A, Yoo JY, Valeria Ozorio Dutra S, et al. The Association between Early-Life Gut Microbiota and Long-Term Health and Diseases. J Clin Med. 2021;10(3):459. doi: https://doi.org/10.3390/jcm10030459

2. Peroni DG, Nuzzi G, Trambusti I, et al. Microbiome Composition and Its Impact on the Development of Allergic Diseases. Front Immunol. 2020;11:700. doi: https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.00700

3. Davis EC, Monaco CL, Insel R, Järvinen KM. Gut microbiome in the first 1000 days and risk for childhood food allergy. Ann Allergy Asthma Immunol. 2024;133(3):252–261. doi: https://doi.org/10.1016/j.anai.2024.03.010

4. Aguilera AC, Dagher IA, Kloepfer KM. Role of the Microbiome in Allergic Disease Development. Curr Allergy Asthma Rep. 2020;20(9):44. doi: https://doi.org/10.1007/s11882-020-00944-2

5. Mousavian AH, Zare Garizi F, Ghoreshi B, et al. The association of infant and mother gut microbiomes with development of allergic diseases in children: a systematic review. J Asthma. 2024;61(10):1121–1135. doi: https://doi.org/10.1080/02770903.2024.2332921

6. Backhed F, Roswall J, Peng Y, et al. Dynamics and stabilization of the human gut microbiome during the first year of life. Cell Host Microbe. 2015;17(5):690–703. doi: https://doi.org/10.1016/j.chom.2015.04.004

7. Gensollen T, Iyer SS, Kasper DL, Blumberg RS. How colonization by microbiota in early life shapes the immune system. Science. 2016;352(6285):539–544. doi: https://doi.org/10.1126/science.aad9378

8. Bakshi S, Paswan VK, Yadav SP, et al. A comprehensive review on infant formula: nutritional and functional constituents, recent trends in processing and its impact on infants’ gut microbiota. Front Nutr. 2023;10:1194679. doi: https://doi.org/10.3389/fnut.2023.1194679

9. Selma-Royo M, Dubois L, Manara S, et al. Birthmode and environment-dependent microbiota transmission dynamics are complemented by breastfeeding during the first year. Cell Host Microbe. 2024;32(6):996–1010.e4. doi: https://doi.org/10.1016/j.chom.2024.05.005

10. Zhu N, Chen T, Wang L, et al. Risk of IgE-mediated food allergy and its impact on child growth: A machine learning approach. World Allergy Organ J. 2025;18(8):101088. doi: https://doi.org/10.1016/j.waojou.2025.101088

11. Tang H, Li W, Xu Y, et al. Gut microbiota modulation: a key determinant of atopic dermatitis susceptibility in children. Front Microbiol. 2025;16:1549895. doi: https://doi.org/10.3389/fmicb.2025.1549895

12. Fazlollahi M, Chun Y, Grishin A, et al. Early-life gut microbiome and egg allergy. Allergy. 2018;73(7):1515–1524. doi: https://doi.org/10.1111/all.13389

13. Hara M, Suzuki H, Hayashi D, et al. Gut microbiota of oneand-a-half-year-old food-allergic and healthy children. Allergol Int. 2024;73(4):550–555. doi: https://doi.org/10.1016/j.alit.2024.03.004

14. Ling Z, Li Z, Liu X, et al. Altered fecal microbiota composition associated with food allergy in infants. Appl Environ Microbiol. 2014;80(8):2546–2554. doi: https://doi.org/10.1128/AEM.00003-14

15. Marrs T, Jo JH, Perkin MR, et al. Gut microbiota development during infancy: Impact of introducing allergenic foods. J Allergy Clin Immunol. 2021;147(2):613–621.e9. doi: https://doi.org/10.1016/j.jaci.2020.09.042

16. De Filippis F, Paparo L, Nocerino R, et al. Specific gut microbiome signatures and the associated pro-inflamatory functions are linked to pediatric allergy and acquisition of immune tolerance. Nat Commun. 2021;12(1):5958. doi: https://doi.org/10.1038/s41467-021-26266-z

17. Roth MS, d’Aujourd’hui M, Künstner A, et al. Characterization of the Gut and Skin Microbiome over Time in Young Children with IgE-Mediated Food Allergy. Nutrients. 2024;16(22):3942. doi: https://doi.org/10.3390/nu16223942

18. Galazzo G, van Best N, Bervoets L, et al. Development of the Microbiota and Associations With Birth Mode, Diet, and Atopic Disorders in a Longitudinal Analysis of Stool Samples, Collected From Infancy Through Early Childhood. Gastroenterology. 2020;158(6):1584–1596. doi: https://doi.org/10.1053/j.gastro.2020.01.024

19. Lee MJ, Park YM, Kim B, et al. Disordered development of gut microbiome interferes with the establishment of the gut ecosystem during early childhood with atopic dermatitis. Gut Microbes. 2022;14(1):2068366. doi: https://doi.org/10.1080/19490976.2022.2068366

20. Вахлова И.В., Федотова Г.В., Боронина Л.Г. Метаболическая активность микробиоты кишечника у детей первого года жизни // Педиатрия (Прил. к журн. Consilium Medicum). — 2018. — № 2. — С. 97–103. — doi: https://doi.org/10.26442/2413-8460_2018.2.97-103

21. Боронина Л.Г., Федотова Г.В., Саматова Е.В., Вахлова И.В. Газожидкостная хроматография и традиционные методы изучения кишечной микробиоты у детей первого года жизни // Вестник уральской медицинской академической науки. — 2018. — Т. 15. — № 5. — С. 733–743. — doi: https://doi.org/10.22138/2500-0918-2018-15-5-733-743

22. Припутневич Т.В., Исаева Е.Л., Муравьева В.В. и др. Микробиота кишечника здоровых новорожденных детей: новые технологии диагностики — новый взгляд на процесс становления // Вестник РГМУ. — 2019. — № 5. — С. 109–115. — doi: https://doi.org/10.24075/vrgmu.2019.063

23. Шукенбаева Р.А., Беляева И.А., Турти Т.В., Бомбардирова Е.П. Состав кишечной микробиоты у детей раннего возраста с IgE-опосредованной и не-IgE-опосредованной пищевой аллергией: одномоментное исследование // Педиатрическая фармакология. — 2025. — Т. 22. — № 3. — С. 285–293. — doi: https://doi.org/10.15690/pf.v22i3.2915

24. Пищевая аллергия: клинические рекомендации / Союз педиатров России; Российская ассоциация аллергологов и клинических иммунологов. — Минздрав России; 2025. — 88 с. Доступно по: https://cr.minzdrav.gov.ru/previewcr/994_1. Ссылка активна на 02.06.2026.

25. Penington JS, Penno MAS, Ngui KM, et al. Influence of fecal collection conditions and 16S rRNA gene sequencing at two centers on human gut microbiota analysis. Sci Rep. 2018;8(1):4386. doi: https://doi.org/10.1038/s41598-018-22491-7

26. Jansson L, Hedman J. Challenging the proposed causes of the PCR plateau phase. Biomol Detect Quantif. 2019;17:100082. doi: https://doi.org/10.1016/j.bdq.2019.100082

27. Tannock GW. Building Robust Assemblages of Bacteria in the Human Gut in Early Life. Appl Environ Microbiol. 2021;87(22):e0144921. doi: https://doi.org/10.1128/AEM.01449-21

28. Fieten KB, Totté JEE, Levin E, et al. Fecal Microbiome and Food Allergy in Pediatric Atopic Dermatitis: A Cross-Sectional Pilot Study. Int Arch Allergy Immunol. 2018;175(1-2):77–84. doi: https://doi.org/10.1159/000484897

29. Qian M, Liu W, Feng X, et al. Alterations in the gut microbiota of toddlers with cow milk protein allergy treated with a partially hydrolyzed formula containing synbiotics: A nonrandomized controlled interventional study. Food Sci Nutr. 2023;12(2): 765–775. doi: https://doi.org/10.1002/fsn3.3801

30. Azad MB, Konya T, Guttman DS, et al. Infant gut microbiota and food sensitization: associations in the first year of life. Clin Exp Allergy. 2015;45(3):632–643. doi: https://doi.org/10.1111/cea.12487

31. Liu Y, Qin S, Song Y, et al. The Perturbation of Infant Gut Microbiota Caused by Cesarean Delivery Is Partially Restored by Exclusive Breastfeeding. Front Microbiol. 2019;10:598. doi: https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.00598

32. Bunyavanich S, Shen N, Grishin A, et al. Early-life gut microbiome composition and milk allergy resolution. J Allergy Clin Immunol. 2016;138(4):1122–1130. doi: https://doi.org/10.1016/j.jaci.2016.03.041

33. Turner JA, Stephen-Victor E, Wang S, et al. Regulatory T Cell-Derived TGF-β1 Controls Multiple Checkpoints Governing Allergy and Autoimmunity. Immunity. 2020;53(6):1202–1214.e6. doi: https://doi.org/10.1016/j.immuni.2020.10.002

34. Stephen-Victor E, Chatila TA. Regulation of oral immune tolerance by the microbiome in food allergy. Curr Opin Immunol. 2019;60:141–147. doi: https://doi.org/10.1016/j.coi.2019.06.001

35. Chen CC, Chen KJ, Kong MS, et al. Alterations in the gut microbiotas of children with food sensitization in early life. Pediatr Allergy Immunol. 2016;27(3):254–262. doi: https://doi.org/10.1111/pai.12522

36. Abdallah N, Bohra A, Mammadzadeh A, et al. Prognostic impact of patient-reported symptoms in multiple myeloma. Blood Adv. 2025;9(4):884–892. doi: https://doi.org/10.1182/bloodadvances.2024014232

37. Tanaka M, Korenori Y, Washio M, et al. Signatures in the gut microbiota of Japanese infants who developed food allergies in early childhood. FEMS Microbiol Ecol. 2017;93(8). doi: https://doi.org/10.1093/femsec/fix099

38. Fan X, Zang T, Dai J, et al. The associations of maternal and children’s gut microbiota with the development of atopic dermatitis for children aged 2 years. Front Immunol. 2022;13:1038876. doi: https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.1038876

39. Luo Z, Jin Z, Tao X, et al. Combined microbiome and metabolome analysis of gut microbiota and metabolite interactions in chronic spontaneous urticaria. Front Cell Infect Microbiol. 2023;12: 1094737. doi: https://doi.org/10.3389/fcimb.2022.1094737

40. Koga Y, Tokunaga S, Nagano J, et al. Age-associated effect of kestose on Faecalibacterium prausnitzii and symptoms in the atopic dermatitis infants. Pediatr Res. 2016;80(6):844–851. doi: https://doi.org/10.1038/pr.2016.167

41. Effendi RMRA, Anshory M, Kalim H, et al. Akkermansia muciniphila and Faecalibacterium prausnitzii in Immune-Related Diseases. Microorganisms. 2022;10(12):2382. doi: https://doi.org/10.3390/microorganisms10122382

42. Lee Y, Byeon HR, Jang SY, et al. Oral administration of Faecalibacterium prausnitzii and Akkermansia muciniphila strains from humans improves atopic dermatitis symptoms in DNCB induced NC/Nga mice. Sci Rep. 2022;12(1):7324. doi: https://doi.org/10.1038/s41598-022-11048-4

43. Boutin RCT, Sbihi H, Dsouza M, et al. Mining the infant gut microbiota for therapeutic targets against atopic disease. Allergy. 2020;75(8):2065–2068. doi: https://doi.org/10.1111/all.14244

44. Zhan Z, Liu W, Pan L, et al. Overabundance of Veillonella parvula promotes intestinal inflammation by activating macrophages via LPS-TLR4 pathway. Cell Death Discov. 2022;8(1):251. doi: https://doi.org/10.1038/s41420-022-01015-3